在全国率先实行“自主招生”。近年来，部分国内高校逐步开始实行自主招生，而在１９７８年科大少年班创建之时，科大少年班就实行了自主招生。３０年来，科大少年班不断完善招生机制。在创办１０年后摸索出一套较为成熟的自主招生模式，并沿用至今。

    科大少年班首创大学通识教育。少年班自１９７８年成立，就将学生本科学习分为基础和专业学习两个阶段，入学两年内学习基础知识而不分专业，待到学生对学科和专业有所了解，再根据志趣和优势在全校范围内自主选择学科类和专业。２０００年之后，国内高校开始普遍采用这种培养模式。

    科大少年班首倡的大学个性化教育。中科大少年班最早实施“学导制”，聘请院士、资深教授、杰出青年学者等，担任“少年班学生的指导教师”，对学生成人成才进行个性化指导，突破了学制和课程教育的一般性规定，使得少年班学生比普通大学生更有可能按照个人的学业进展和专业兴趣来开展学习和研究，以更好更快地成长成才。这种个性化教育的理念，在当今高等教育与发展中，越来越受到重视。

    科大少年班在高校中最早实施创新教育。科大少年班把培养学生的创新精神、创新能力、创新人格贯穿于本科教育培养的全过程，推行自主研究性学习，将教学和研究实践相结合。１９９４年，科大少年班全面实行了大学生研究计划，开设了必修课——科研实践，要求所有少年班学生结合各自专业、参加科大校内相关老师的科研小组，从事系统的科研活动，并以论文、读书报告、实验报告的形式计入学分。