根据协议，在双方商定的学科专业内，由常工院推荐正高职称人员，经河海大学根据硕士研究生指导教师遴选程序，审查批准后担任硕士生指导教师，并按照河海大学硕士生导师管理条例进行管理；在河海大学的研究生招生目录中列入常工院导师的招生专业方向；招生工作由河海大学负责，常工院提供协助；招生人数列入河海大学计划，每年不超过20名；双方共同负责对联合培养硕士研究生的管理，课程学习期间以河海大学为主，学位论文期间以常工院为主，共同确保研究生的培养质量；毕业时由河海大学颁发毕业证书，符合学位授予条件的授予硕士学位。河海大学还将根据常工院的学科建设需要，推荐部分教授到常工院担任兼职教授。