1985年始，国家对研究生收费采取双轨制，即国家计划内招生由国家按招生指标下拨培养费，计划外委托培养生由委培单位出资（也有一些由个人出资），计划外自筹经费生由个人出资或导师出资。

    2005年起，国家开始探讨研究生培养机制改革方案，作为研究生培养体制改革中的重要一步，研究生收费机制改革问题备受瞩目。

    2006年，哈尔滨工业大学、华中科技大学、西安交通大学等3所高等学校开展研究生培养机制改革试点。

    2007年，全国17所高校首批试点进行研究生培养机制改革，这些高校是哈尔滨工业大学、北京大学、清华大学、浙江大学、复旦大学、上海交大、同济大学、西安交大、中科大、中国农大、大连理工大学、武汉大学、南京大学、东南大学、四川大学、中山大学、华南理工大学。培养经费改革只是研究生培养机制改革中的一项内容。改革后的研究生将不再区分公费和自费，而是采取奖助学金的方式资助优秀研究生学费和生活费。没有参加试点的高校仍按计划内和计划外招生。

    2008年，56所研究生院招生不再分公费和自费，而是采取发放奖学金和助学金的方式资助优秀研究生。

    2009年，国务院学位办公室表示要将改革推广到全部中央部委属院校，同时鼓励各省、自治区、直辖市选择省属高等学校开展改革试点工作。